Junjou Romantica présente 3 histoires parallèles, centrées sur trois couples différents. Elles sont différenciées par leur nom: Junjou Romantica, Junjou Egoist, Junjou Terrorist. Ces trois histoires sont plus ou moins liées, certains personnages se connaissant d'une histoire à l'autre.
Junjou Romantica :
Les résultats scolaires de Misaki laissent à désirer, dur de rentrer dans l'Université renommée qu'il vise ! C'est pourquoi son frère l'envoie chez son ami le célèbre écrivain Usami Akihiko afin qu'il lui serve de tuteur. Misaki découvre alors qu'Usami aime son frère depuis des années en secret et écrit, en plus de ses best-sellers primés, des romans BL sulfureux dont les personnages principaux ne sont autres qu'Usami lui-même et le frère de Misaki. D'abord scandalisé et en colère, il va petit à petit apprendre à connaître Usami...Obligé de vivre chez son tuteur pendant quelques mois, comment Misaki fera-il pour s'entendre avec un tel homme, au caractère diamétralement opposé au sien, et réaliser son rêve ?
Junjou Egoist :
Hiroki est un homme au c½ur brisé. Alors qu'il est en pleurs dans un jardin public, il rencontre Nowaki qui tombe amoureux de lui au premier regard. Nowaki le supplie de bien vouloir l'aider dans ses études, ce que refuse catégoriquement Hiroki. Prenant certaines mesures radicales, comme celle de lui voler les clés de son appartement, Nowaki réussira tout de même à le convaincre et c'est le début d'une longue, longue histoire...semée d'embûches.
Junjou Terrorist :
Miyagi a récemment divorcé. C'est alors que son ex-beau frère apparaît en prétendant que c'est le destin qui les a réunis...Ce petit terroriste tente de s'imposer dans la vie de Miyagi.
